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gnuplot は、コマンドラインで以下のオプションを受けつけます:
-V, --version -h, --help -p, --persist -d, --default-settings -s, --slow -e "command1; command2; ..." -c scriptfile ARG1 ARG2 ...
-p は、プログラムの終了時に、残っている対話型グラフウィンドウを一切閉 じないよう gnuplot に指示します。
-d は、各ユーザ用、およびシステム用の初期化 (以下参照: initialization) を一切行わないよう gnuplot に指示します。
-s は、起動時のフォントの初期化をゆっくり待つように指示します。そうで ないと、エラーを表示し、不正なフォントサイズ情報で動作を継続します。
-e "command" は、次に進む前に指定した単一のコマンドを実行するよう gnuplot に指示します。
-c は、-e "call scriptfile ARG1 ARG2 ..." と同等です。以下参照: call。