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コメントは次のように実装されています: 文字 '#' は、行中のたいていの場 所に書くことができます。このとき gnuplot はその行の残りの部分を無視し ます。ただし、引用符の中、数 (複素数を含む) の中、コマンド置換 (command substitution) の中などではこの効果がありません。簡単に言うと、意味 のあるような使い方をしさえすれば、正しく動作すると言うことです。

データファイル中のコメント文字の指定は、以下参照:set datafile commentschars (p. )。